Entsprechend den Richtlinien des II.Vatikanischen Konzils wird der Altar von der hinteren Wand gelöst und als Volksaltar in die Mitte des Altarraumes gesetzt.
1986 erhält die Kirche St.Marien eine gründliche Innen- und etwas später dann auch eine Außenrenovierung.
Restaueriert und neu gefasst wird auch die Madonna des 1.Altares,D die 1959 an die Weickenrichter Dorfkapelle ausgeliehen worden war und nun in die Kirche St. Marien zurückkehrt.
Der Altarraum wird völlig neu gestaltet. Die den Seugastern lieb gewordene "Muttergottes mit dem Kind", die bisher den Altarraum beherrscht hatte, wird in den Regensburger Werkstätten farbig gefasst und an den Rand des Altarraumes gerückt. Für die Stirnwand der Apsis wird ein überlebensgroßes Kruzifix, ebenfalls farbig gefasst, als neuer Blickfang für Auge und Seele angeschafft.
Da der Dachstuhl völlig erneuert werden muss, wird auch endlich die Eigentumsfrage geklärt. Laut Urkunde vom 6.September 1903 gehört die Kirche der Marktgemeinde Freihung als Rechtsnachfolgerin der vormaligen Gemeinde Seugast, die mit diesem Schreiben die Verpflichtung für den Unterhalt der Kirche übernommen hat.
Weil aber die Seugaster Bevölkerung in Unkenntnis der Eigentumsverhältnisse und in Erwartung der hohen Kosten der Renovierung durch diverse Aktivitäten wie Kirchgassfeste, Dorfweihnachten und Theateraufführungen bereits mehr als 10.000 DM an Spenden gesammelt hat, einigen sich Kirchenverwaltung und Marktgemeinde darauf, die Kirchenverwaltung die Kosten für die Innenrenovierung und die Marktgemeinde Freihung alle Kosten für den Dachstuhl und die Aussenrenovierung übernimmt.
